La preparació endometrial per planificar la transferència d'embrions congelats és un procediment relativament senzill per a la dona. Als cicles de preparació clàssica (amb tractament hormonal) la dona realitza una pauta d'estrògens per via oral o transdèrmica (durant dues setmanes aproximadament) per aconseguir un bon gruix de l'endometri. Tot seguit s'hi afegeix una suplementació amb progesterona per via vaginal i/o subcutània que comença cinc dies abans d'injectar l'embrió dins la cavitat uterina.

Aquesta pauta amb tractament hormonal substitutiu ofereix més planificació del cicle i menys controls de seguiment, però, per a algunes pacients, la medicació és un factor de risc i per aquest motiu, cada cop més, en les dones d'edat més avançada i amb cicles menstruals regulars apostem per la preparació en cicle natural.

Aquesta estratègia en cicle natural consisteix a monitoritzar un cicle fisiològic de la dona. Es requereixen controls ecogràfics i algunes analítiques hormonals per anar veient com el fol·licle seleccionat aquest mes va creixent i produint de manera progressiva el seu propi nivell d'estradiol que ajuda a engrossir l'endometri de manera natural. Un cop estem segurs que la mida fol·licular és la correcta, fem la descàrrega ovulatòria amb HCG per assegurar-nos que existeix l'ovulació que ajudarà a la formació del cos luti i a produir nivells correctes de progesterona intrínseca.

Gràcies a aquesta producció pròpia d'estradiol i progesterona, l'endometri estarà preparat naturalment per planificar el dia de la transferència. 

La preparació en cicle natural requereix un seguiment més proper i meticulós de la pacient, per això són necessaris més controls presencials que en el cicle artificial però els avantatges mèdics per a la dona i el futur embaràs són cada cop més evidents cientificament, a més, el cost econòmic en medicació és menor.

La criotransferència en cicle natural es relaciona amb nivells hormonals superiors i per tant afavoridors de l'embaràs i la implantació, així com menors problemes de placentació, és a dir, menys risc d'hipertensió i preeclàmpsia durant l'embaràs.